Новий додаток для смартфонів під управлінням Android дозволяє аналізувати геном збудника COVID-19 – SARS-CoV-2 – менш ніж за півгодини.
Ультрасучасні пристрої з нанопори дозволили вченим зчитувати або «секвенувати» генетичний матеріал у позалабораторних зразках, однак для аналізу необроблених даних як і раніше був потрібний доступ до високопродуктивних обчислювальних потужностей. Додаток Genopo, розроблений Інститутом медичних досліджень Гарвана у співпраці з Університетом Пераденія в Шрі-Ланці, робить геноміку більш доступною для віддалених регіонів або регіонів з обмеженими ресурсами, а також лікарень.
«Не у всіх є доступ до високопродуктивних обчислювальних потужностей, які потрібні для аналізу ДНК і РНК. Однак у багатьох людей є доступ до смартфонів », – зазначила доктор Іра Девесон з Інституту Гарвана. Дослідження, присвячене роботі нової програми опубліковано в журналі Communications Biology.
«Швидкий аналіз генома в реальному часі сьогодні, як ніколи важливий, оскільки є основним методом відстеження поширення коронавірусу. Наш додаток робить геномний аналіз більш доступним, буквально поміщаючи технологію в кишені вчених по всьому світу », – підкреслила Девесон.
Як пояснили розробники Genopo, програма об’єднує ряд доступних інструментів біоінформатики в єдиний додаток, зменшений для роботи на обчислювальній потужності звичайного ґаджета. Genopo можна завантажити в Google Play.
В середньому Genopo витрачає 27 хвилин на визначення повної послідовності генома SARS-CoV-2 з необроблених даних. Дослідники говорять, що це дозволяє вивчати вірус безпосередньо в місцях надання медичної допомоги хворим. Також додаток можна використовувати для профілювання метилування ДНК – модифікації, що змінює активність гена, – в зразку генома людини.
